בפעולה מבצעית הלילה, חוסלו רוצחי שלושת הנערים לאחר שאותרו על ידי כוחות הביטחון . בין הצדדים נערכו חילופי אש שבסופם חוסלו הרוצחים
הותר לפרסום כי לאחר מבצע מודיעיני מורכב של שרות הביטחון הכללי אותר בחברון מקום המצאם של מרואן סעדי קואסמה ועאמר אבו עישה, שני תושבי חברון אשר ביצעו את פיגוע החטיפה והרצח של נפתלי פרנקל גלעד שאער ואייל יפרח ז"ל.
הלילה בפעילות משותפת לשב"כ בסיוע ימ"מ וצה"ל בוצע ניסיון למעצר המבוקשים במהלכו התפתחו חילופי אש כתוצאה ממנו נפגעו המבוקשים :
מרואן קואסמה כבן 29 תושב חברון פעיל חמאס, בן למשפחת פעילי חמאס. היה עצור בעבר מס פעמים ע"ר מעורבותו בפעילות חמאס צבאית. נעצר לאחרונה במהלך 2010 לאחר שאותר כחבר בתשתית חמאס צבאית בחברון (מדובר באותה תשתית שממנה יצאה החוליה שביצעה פיגוע סמוך לבית חגי באוגוסט 2010 במסגרתו נרצחו 4 אזרחים). בנוסף היה עצור מס פעמים נוספות בעשור האחרון ע"ר פעילות חמאס בה היה מעורב.
עאמר אבו עישה כבן 32 תושב חברון פעיל חמאס בן למשפחת פעילי חמאס. היה עצור בין השנים 2005-2006 ע"ר פעילות חמאס בה היה מעורב. בימים האחרונים נעצרו מס' פעילי חמא"ס החשודים כסייענים של המבוקשים אשר הועברו לחקירת שב"כ . כזכור,לפני כחודשיים נעצר חסאם קואסמה פעיל חמאס נוסף אשר הודה כי שימש כמפקד חוליית החטיפה והרצח זאת לאחר שמימון לפיגוע הגיע מפעילי חמאס ברצע.
כמו כן נעצרו הלילה גם בשאר קואסמה, מחמד קואסמה ותאאר קואסמה בניו של ערפאת קואסמה העצור גם הוא מתאריך 14 יולי באשמה כי סייע לרוצחים להסתתר לאחר רצח הנערים.
מפקד אוגדת איו״ש תמיר ידעי סיפר כי הלילה באחת הגיע מידע על בית בחברון, דרומית לבית החולים אל אהיל, שכונת הרישוי, הבית משמש בית מלאכה. כוחות ימ.מ הקיפו את הבית והחלו לסרוק. השניים הסתתרו במרתף. כאשר טרקטור פער חור. בקומת המרתף , פתחו השניים באש לעבר הכוח, מחבל אחד נהרג מיד האחר נפל לקומה התחתונה. הכוח המשיך בירי והשלכת מטענים לעבר המחבל והוא ככל הנראה נהרג . כרגע טרקטור "מקלף" את הבית כדי להגיע לגופה השנייה. היו חמושים ב m 16 , קלצ׳ ואקדח. השניים הסתתרו במקום במשך כמה ימים. יש מעצרים נוספים של סייענים. מאז החטיפה השניים היו כל הזמן במנוסה והסתייעו בחמולת קוואסמה באזור בית החולים של חברון.
השר אורי אריאל מברך על חיסול רוצחי הנערים: "יידע כל מחבל מתועב כי בן מוות הוא. הצלחתם של כוחות הביטחון לחסל את המחבלים המתועבים היא הצלחה של מדינת ישראל כולה והסרת קללה לקראת השנה החדשה. אני מברך את כוחות הביטחון על החיסול המוצלח ומאחל שתהיה לכולנו, ובפרט למשפחות היקרות שעאר יפרח ופרנקל, שנה יותר מתוקה"
חברת הכנסת אורית סטרוק על חיסול רוצחי הנערים: "באבוד רשעים רינה"! את הבשורה הטובה על חיסול רוצחיהם של גיל-עד, נפתלי ואייל, קיבלתי במערת המכפלה, באותו מקום בו התפללתי, עם רבים אחרים, להצלתם של שלושת הנערים. גם אחרי החלטת הממשלה על כליאתם מחדש של משוחררי עסקת שליט, ואחרי 2 החוקים שהעברנו כדי לצמצם את האפשרויות של שחרור מחבלים שפוטים – עדין אין ספק שחיסול המחבלים האכזריים האלה הוא המענה הטוב ביותר לטרור הערבי האכזרי. כפי שכתב דוד המלך ע"ה: "ארדוף אויבי ואשיגם ולא אשוב עד כלותם".
היישוב היהודי בחברון מברך את כוחות הבטחון על חיסול המחבלים. עם ישראל ציפה שהצדק יראה וייעשה. חיסולם היא בשורה לקראת ראש השנה, שעם ישראל ציפה לה. התשובה המלאה תבוא בהודעה ממשלתית על פיתוח ויישוב חברון כראוי לכבודה של עיר האבות.